Ещё в начале года ввели в одну из почтовых систем на Exchange 2003 сервера на Exchange 2010, и постепенно начали перенос ящиков новые сервера.

Не так давно этот процесс был окончательно завершён, и настало время удалить старые сервера Exchange 2003.

Процесс удаления не представляет сложности, вот kb от MS в помощь.
Возникла только такая проблема, там-же описываются пути её решения.

Через несколько дней после отключения последнего сервера Exchange 2003, в оснастке Exchange Management Console из Recipient Configuration — Mailbox пропали все почтовые ящики.
Чтобы их вернуть необходимо изменить Recipient Scope, как это сделать описавыется в этом kb.